科学家有一个用于太空中的OMIC的微环境分析工具
栏目:行业动态 发布时间:2025-04-05 09:58
中国科学院上海营养与健康研究所的研究人员李洪的团队推出了一个基于Python的空间OMICS INTEMENTING ANTEMATIEN ANARICATION TOOLKIT SO SO SO SO SO...
中国科学院上海营养与健康研究所的研究员李洪的团队推出了基于工具包肥皂工具包的基于Python的空间opcillus。通过合并现有的高性能算法和新的独立发展方法,可以对评估进行灵活且多功能的分析,从而为空间微观环境提供各种评估技术。 3月29日,相关研究发表在“基因组生物学”中。组织和微环境的结构在维持器官正常生理功能和疾病发展方面起着非常关键的作用。近年来,实验技术实验技术的快速发展使得在组织中高通量的单细胞ANTA中获得分子特性,从而加深了科学家对组织微环境的理解。但是,空间轨迹数据的复杂性LSO提出了计算挑战,现有的考试方法有些分散,并且可以立即对微环境空间结构进行全面分析的工具包。基于灵活的预处理模块,SOAP与来自许多空间轨迹平台的数据兼容,并系统地分析了来自六个尺寸的常见空间imics问题:空间结构域识别,空间表达趋势,时空表达模式,细胞共定位,细胞共定位,多细胞元素和插入式通信。研究小组使用许多空间法技术技术的数据集来测试肥皂,并通过重新确认在肿瘤和发育等各种应用方案中检查细胞和Gen的空间分布模式。例如,SOAPY设计了用于细胞间通信和配体接触的新指标CRET配体受体(LR)和近距离结合触点LR;空间肥皂空间结构可以定义微环境肿瘤中的细胞微生态,从而计算肿瘤的空间异质性,并发现与患者预后相关的微生态。时空肥皂时空分解模块可以应用于小鼠胚胎发育和肝损伤,并且可以获得基因表达的变化。 ?相关论文信息:https://dii.org/10.1186/s13059-025-03550-5